L'histoire de Naruto se déroule dans un monde rétro-futuriste où, bien que de nombreuses technologies modernes aient vu le jour, les ninjas et, dans une moindre mesure, les samouraïs sont restés de véritables puissances militaires. Regroupés en villages plus ou moins puissants depuis un peu moins d'un siècle, les ninja se livrent à une guerre parfois ouverte parfois « froide » entre les différentes factions depuis plusieurs siècles.

L'un des atouts dont ils disposent dans ce conflit est le groupe de neuf créatures, appelé les Démons à queues, qui peuvent être absorbées par les humains après une cérémonie sacrificielle afin qu'ils disposent de leur puissance. Douze années avant le début du récit, l'une de ces créatures, appelée Kyûbi, a été capturée et implantée dans un nouveau-né nommé Naruto Uzumaki par le quatrième Hokage du village de Konoha.


L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ne font plus de différence entre le Kyûbi et Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Il est alors inclus dans une équipe de trois apprentis ninjas, avec Sakura Haruno et le talentueux Sasuke Uchiwa. Peu après, ils rencontrent leur jōnin, celui qui s'occupera de leur formation : le mystérieux Kakashi Hatake.

Au début craint et méprisé par ses pairs, il va peu à peu monter en puissance et gagné le respect et l'affection des villageois grâce notamment aux combats dantesques qu'il remportera face aux ennemis les plus puissants de Konoha parmi lesquels se trouvent plusieurs anciens villageois. Peu à peu, les sombres desseins de domination mondiale de l'un d'entre-eux se dessinent.

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