Dans l'académie de Cross étudient deux classes différentes : la « Day Class », la classe de jour et la « Night Class », la classe de nuit. Les jeunes filles de la Day Class sont follement amoureuses des garçons de la Night Class, tous d'une beauté irrésistible. Mais elles ne les connaissent que très peu, car ces garçons sont des vampires. La Night Class est un groupe de vampires nobles mené par leur chef Kaname, un sang-pur. La jeune Yūki et l’énigmatique Zero sont des chargés de discipline, qui ont pour mission d'assurer la paix entre vampires et humains de l'académie et ce dans le plus grand secret. Beaucoup de mystères entourent les vampires et leur camarade Zero, trop souvent distant. Quant à Yūki, c'est une jeune fille assez sentimentale, entretenant une très grande admiration et reconnaissance envers Kaname qui, il y a dix ans de cela, lui a sauvé la vie.


Dans le manga, on apprend qu'un vampire peut avoir des relations sexuelles avec un humain et faire un enfant. Le nourrisson devient alors un vampire possédant certaines caractéristiques humaines. Bien qu'il s'agisse en général des créatures nocturnes, l'exposition de leur corps au soleil ne les transforme pas en cendres. Ils sont en partie immunisés contre les objets tels que l'eau bénite ou l'ail. Ils ont également une vitesse de régénération impressionnante, ce qui les rend très difficiles à tuer. C'est pour cela que le recours à des Vampire Hunters (chasseurs de vampires) est nécessaire pour ce genre de tâches.

Il existe dans le manga différentes classes de vampires, organisées selon la pureté de leur sang :

Le Level : A, qui ne comprend qu'une toute petite minorité de vampires. C'est la classe des sang-purs, jamais souillés par une seule goutte de sang humain. C'est la seule classe de vampires à pouvoir, en faisant pénétrer leurs crocs dans la chair d'un être humain, transformer celui-ci en vampire. La famille Kuran et Shizuka Hiō en font partie.
Le Level : B se réfère aux vampires nobles, issus de l'aristocratie, qui possèdent des pouvoirs assez avancés.
Le Level : C représente la majorité des vampires.
Le Level : D est composé de vampires qui étaient autrefois humains. Ils sont très peu nombreux : en effet, changer des humains en vampires est impardonnable et, d'ailleurs, seul les level A sont prêts à le faire.
Le Level : E est en quelque sorte le Level End. Ce sont les vampires autrefois humains qui sont tombés à l'état de bête assoiffée de sang. Chaque Level : D est voué à tomber à ce niveau, car aucun d'entre eux n'a sciemment accepté son changement et soif de sang prononcée. Les Levels : D et E sont en général pris en charge par les Levels : B.
Une autre catégorie, plus rare, regroupe les vampires qui ont bu le sang de leur maître, à savoir le Level : A qui les a transformés. Ils se sont transformés en vampires à part entière, avec un ou quelques pouvoirs qu'ils ont tirés du sang pur qu'ils ont bu (l'exemple le plus célèbre de la série est Zero.)
Il existe une guerre qui fait rage depuis des siècles entre les Vampires et les Vampires Hunters, dont les humains ne doivent pas avoir connaissance. Il semblerait cependant que les Vampires Hunters ne chassent que ceux qui sont présents sur leur 'liste', ceux qui furent jadis des êtres humains.